Quema de urnas, sustracción de materiales electorales, enfrentamientos entre militantes de partidos, compra de votos por parte de servidores públicos, varios heridos, una persona presuntamente fallecida, secuestro de funcionarios electorales e inflación del padrón electoral con extranjeros fueron las incidencias reportadas en la elección local de Chiapas.Aunque al cierre de la votación, según la Junta Local Ejecutiva del Instituto Nacional Electoral (INE), se instalaron 97.23% de las casillas, es decir, cinco mil 793 de las cinco mil 958 aprobadas, en diversas localidades indígenas con influencia del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) se reportaron incidencias relacionadas con hechos de violencia.
Las autoridades electorales reportaron 192 incidentes durante la jornada electoral que eligió a 122 presidentes municipales y 41 diputados locales. Entre los hechos más graves señalaron la quema de casillas en los municipios de Belisario Domínguez, Ocosingo y Las Margaritas, todos con zonas de influencia de la guerrilla zapatista.
Los representantes del Partido de la Revolución Democrática (PRD) aseguraron que en el municipio de Copainalá una persona falleció tras un enfrentamiento entre militantes del Partido Revolucionario Institucional (PRI) y el Partido Verde Ecologista de México (PVEM). Hasta el cierre de esta edición, dicha información no fue confirmada por las autoridades.
En el municipio de Comitán durante la jornada de votación ocurrieron diversos enfrentamientos con un saldo de tres heridos y al menos un vehículo incendiado; en Venustiano Carranza, los pobladores quemaron urnas por la supuesta compra de votos y amenazaron con incendiar las instalaciones del órgano electoral.
En el municipio indígena de Tila no se pudieron instalar casillas en tres comunidades por enfrentamientos entre militantes de partidos y las oficinas electorales también fueron tomadas. En la localidad de Pueblo Nuevo se reportó el robo de cinco urnas, en Tiopisca se robaron otras dos y en Villa Flores acusaron el hurto de material electoral.
Por su parte, la Fiscalía de Atención de Delitos Electorales (Fepade) indicó que detuvieron a varias personas que mediante taxis y camionetas realizaban acarreo de votantes en la localidad de Ocozocuatla.
Entre los incidentes más trascedentes, la Fiscalía arrestó a Verónica Rodríguez Montes, directora general del Instituto de Estudios de Posgrado (IEP) en el gobierno de Manuel Velasco, quien fue detenida en posesión del padrón de programas sociales chiapanecos con el cual presuntamente, condicionaba el voto a favor del Verde Ecologista.
